Os investigadores verificaram que algumas bactérias potencialmente benéficas, incluindo as do género Bifidobacterium, podem tornar-se mais abundantes entre os consumidores de café. Ao mesmo tempo, o consumo da bebida parece reduzir a presença de outros microrganismos. No entanto, os resultados variam entre os estudos, pelo que ainda não é possível determinar com precisão todos os efeitos do café sobre o equilíbrio bacteriano.

A análise também encontrou indícios de que o café ativa o funcionamento do intestino. Cerca de 29% dos participantes avaliados afirmaram sentir vontade de evacuar depois de beber uma chávena, enquanto outros estudos registaram um aumento dos movimentos intestinais poucos minutos após o consumo.

Este efeito não depende exclusivamente da cafeína. A mesma resposta foi observada com café descafeinado, o que indica que outros componentes da bebida podem estar envolvidos. Por esse motivo, o café poderá ajudar algumas pessoas com trânsito intestinal lento, embora os autores não o apresentem como tratamento para a obstipação.

Os possíveis benefícios parecem estar sobretudo associados a um consumo moderado. Quando a ingestão ultrapassa quatro chávenas por dia, a revisão identifica uma possível relação com problemas como o refluxo gastroesofágico, que pode provocar azia e desconforto devido ao regresso do conteúdo do estômago ao esófago.

O consumo elevado também foi associado a um maior risco de problemas na saúde oral, nomeadamente doenças das gengivas. Estes efeitos devem ser considerados, sobretudo por pessoas que já apresentam sintomas digestivos ou problemas periodontais.

A relação entre o café e as doenças inflamatórias do intestino permanece pouco clara. Em pessoas com doença de Crohn ou colite ulcerosa, alguns trabalhos associaram a bebida ao agravamento dos sintomas, enquanto outros não identificaram qualquer impacto. Houve ainda investigações que apontaram para possíveis efeitos favoráveis.

Também no caso da síndrome do intestino irritável os resultados são contraditórios. Assim, não é possível concluir que o café produza sempre consequências positivas ou negativas para o intestino.

De forma geral, a revisão indica que o consumo moderado poderá contribuir para uma microbiota mais diversificada e estimular o trânsito intestinal. Contudo, a ingestão excessiva pode estar relacionada com refluxo e doenças das gengivas. Os autores defendem a realização de novas pesquisas para esclarecer de que forma a cafeína e os restantes componentes do café influenciam o intestino e a saúde a longo prazo.